Institute of Chemistry - List of Softwares

DISTDCCM
Language: TCL
Purpose: plotar diagramas de correlações cruzadas em função de distâncias de pares de resíduos de uma proteína
Authors: Rodrigo L Silveira
SASA
Language: Fortran 90
Purpose: Gerar uma malha de pontos em torno da superfície acessível ao solvente de uma biomolécula
Authors: Rodrigo L Silveira
PACKMOL
Language: Fortran90
Purpose: Creation of initial configurations for molecular dynamics simulations
Authors: L. Martínez, E. G. Birgon, J. M. Martínez
FEL
Language: Fortran 90
Purpose: Gerar perfis de energia livre (free energy landscape) (1D e 2D) ao longo de autovetores gerados por análise de componentes principais
Authors: Rodrigo L Silveira
SECSTRUCT
Language: TCL
Purpose: Gerar mapa colorido de estrutura secundária de uma proteína
Authors: Rodrigo L Silveira
LOVOALIGN
Language: Fortran90
Purpose: Alignment of protein structures from structural databases
Authors: L. Martínez, R. Andreani, J. M. Martínez
GETPDBDIFF
Language: TCL
Purpose: Gerar estruturas de proteínas coloridas conforme diferença de mobilidades
Authors: Rodrigo L Silveira
SIMULATIONBOX
Language: Fortran 90
Purpose: Calcular dimensões de caixas de simulação de dinâmica molecular
Authors: Rodrigo L Silveira
MDLOVOFIT
Language: Fortran90
Purpose: Analsyis of mobility of biomolecular structures in molecular dynamics simulations
Authors: L. Martínez, R. Andreani, J. M. Martínez
PCAWRITEDCD
Language: Fortran 90
Purpose: Filtrar trajetórias de dinâmica molecular conforme clusters obtidos por análise de componentes principais
Authors: Rodrigo L Silveira
WRITEDCD
Language: Fortran 90
Purpose: Ler trajetórias e escrever subconjunto desta para visualização
Authors: Rodrigo L Silveira
MDANALSYS
Language: Fortran90
Purpose: Series of tools for the analysis of molecular dynamics simulations performed with NAMD.
Authors: L. Martínez
REBUILDBOX
Language: Fortran 90
Purpose: Reconstruir trajetórias de dinâmica molecular de forma que a proteína esteja sempre no centro da caixa de simulação
Authors: Rodrigo L Silveira
ARROWPCA
Language: TCL
Purpose: Plugin para plotar autovetores obtidos por PCA
Authors: Rodrigo L Silveira
NAMDANALYSIS
Language: Fortran 90
Purpose: programas para análises diversas de dinâmica molecular (estrutura média, análise de componentes principais, correlações dinâmicas cruzadas, flutuações, solvatação, ligações de hidrogênio)
Authors: Rodrigo L Silveira
RMSDMAP
Language: Bash
Purpose: Contruir mapa bidimensional de mobilidades
Authors:
CORRELATION
Language: TCL
Purpose: Plugin para mapear redes de correlação sobre pares de resíduos de proteínas
Authors: Rodrigo L Silveira
CONTACT
Language: Fortran 90
Purpose: Computar mapa de contatos de proteína a partir de sua estrutura 3D
Authors: Rodrigo L Silveira
RMSIP
Language: Fortran 90
Purpose: Computar produto interno médio quadrático entre dois autovetores (análise de componentes principais)
Authors: Rodrigo L Silveira
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