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Converting scripts into reproducible Workflow Research Objects

Scientific discovery and analysis are increasingly computational and data-driven. While scripting languages, such as Python, R and Perl, are the means of choice of the majority of scientists to encode and run their data analysis, scripts are generally not amenable to reuse or reproducibility. Scripts do rarely get reused or even shared with third party scientists. We argue in this paper that the reproducibility of scripts can be promoted by converting them into workflow research objects.

Friday, November 25, 2016 - 15:53
BIPMed busca parcerias para ampliar banco público de dados genômicos e clínicos

Lançado há um ano, a Brazilian Initiative on Precision Medicine (BIPMed), o primeiro banco público de dados genômicos da América Latina, já reúne informações de 254 indivíduos da região de Campinas, interior de São Paulo.
Os voluntários passaram pelo sequenciamento completo do exoma – parte do genoma onde ficam os genes codificadores de proteína e, portanto, onde há mais chance de ocorrerem mutações causadoras de doenças.

Thursday, November 17, 2016 - 12:28
INVITATION BIPMED: ONE YEAR AND FORWARD

On November 13, 2015, BIPMed launched the first public genomic database in Latin America (bipmed.iqm.unicamp.br). The main objective of this initiative is to promote the sharing of genomic and phenotypic data, respecting international guidelines for the ethical and responsible work with this type of private information. These guidelines have been proposed by the Global Alliance for Genomics and Health (https://genomicsandhealth.org/).

Thursday, October 13, 2016 - 14:35
Prof. Maurice De Koning e colaboradores descobrem propriedades inusitadas do Hélio sólido em baixíssimas temperaturas

Usando técnicas do estado-da-arte de simulação computacional de sistemas quânticos, o Prof. Maurice De Koning e colaboradores desvendam propriedades "plásticas" do Hélio sólido, atribuídas a efeitos genuinamente quânticos deste material quando submetido a temperaturas próxima do zero absoluto. O trabalho foi publicado na prestigiosa Phys. Rev. Letts. Parabens ao Prof. Maurice e sua equipe.

Friday, October 7, 2016 - 11:03
Pesquisadores brasileiros descobrem inesperada propriedade do grafeno

O grafeno é um dos materiais mais estudados na atualidade. Justifica-se: constituído por uma única camada de átomos de carbono, dispostos em uma rede bidimensional de trama hexagonal, o grafeno é extremamente fino, leve e resistente. Agreguem-se propriedades como transparência, flexibilidade, alta condutividade elétrica e térmica e baixo custo de produção para que o horizonte de aplicações seja praticamente ilimitado.

Thursday, September 1, 2016 - 14:41
Um ecossistema federado para compartilhamento de dados genômicos

Em comentário sobre o tema publicado na revista Science, equipe da The Global Alliance for Genomics and Health menciona exemplo da Brazilian Initiative on Precision Medicine (BIPMed). A importância de se compartilhar dados de estudos genômicos para fazer avançar o tratamento de doenças foi tema de um comentário publicado (http://science.sciencemag.org/content/352/6291/1278) na revista Science, em junho, pela equipe do consórcio The Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH). Leia mais clicando em Full Article URL.

Monday, August 22, 2016 - 10:58
Giant and Tunable Anisotropy of Nanoscale Friction in Graphene

The nanoscale friction between an atomic force microscopy tip and graphene is investigated using friction force microscopy (FFM). During the tip movement, friction forces are observed to increase and then saturate in a highly anisotropic manner. As a result, the friction forces in graphene are highly dependent on the scanning direction: under some conditions, the energy dissipated along the armchair direction can be 80% higher than along the zigzag direction.

Friday, August 19, 2016 - 14:56
Loosing plant cell walls: Molecular dynamics simulations of bacterial expansin on the cellulose surface

Expansins are disruptive proteins that loosen growing plant cell walls and can enhance the enzymatic hydrolysis of cellulose when mixed with cellulases. The canonical expansin structure consists of one domain responsible for substrate binding (D2) and another domain (D1) of unknown function, but essential for activity. Although the effects of expansins on cell walls and cellulose fibrils are known, the molecular mechanism underlying their biophysical function is poorly understood. Using computational molecular dynamics simulations, CCES scientists

Friday, August 19, 2016 - 11:02
Fim de Semana no Museu - Edição de Agosto

No sábado 20/08 a partir das 10:00 teremos uma visita guiada voltada a educadores. O objetivo é que as escolas conheçam o Museu e vice-versa. A visita será guiada pelo diretor educacional do Museu.
No período da tarde a partir das 14:00 teremos uma palestra aberta e uma oficina de preparação para o
Grande Desafio. A palestra é aberta para a comunidade em geral que queira saber mais sobre o grande
desafio e a oficina é voltada aos orientadores das equipes já inscritas. Segue conteúdo abordado:
- Palestra: Conhecendo o Grande Desafio

Friday, August 12, 2016 - 09:31
Using computational chemistry to understand biomass pretreatments for biofuel production

Cellulose, the most abundant biopolymer on Earth, represents a resource for sustainable production of biofuels. Thermochemical treatments make lignocellulosic biomaterials more amenable to depolymerization by exposing cellulose microfibrils to enzymatic or chemical attacks. In such treatments, the solvent plays fundamental roles in biomass modification, but the molecular events underlying these changes are still poorly understood.

Wednesday, August 10, 2016 - 13:58

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